Semua pelajar MRSM Tun Mohammad Fuad Stephens Sandakan diwajibkan untuk menyertai aktiviti Ko-kurikulum. Pelajar perlu mendaftar untuk Badan Beruniform, Kelab/Persatuan dan Sukan/Permainan sebagai aktiviti luar kelas.

Penyertaan pelajar di dalam badan beruniform, sukan dan kelab minat adalah merupakan salah satu syarat untuk graduasi dari sistem pendidikan MARA.

Berikut senarai Badan Beruniform, Kelab dan Persatuan dan Sukan/Permainan yang ditawarkan di MRSM Tun Mohammad Fuad Stephens Sandakan:

Badan Beruniform

Kelab/Persatuan

Sukan/Permainan

Pasukan Kor Kadet Polis

Pasukan Pandu Puteri

Persatuan Bulan Sabit Merah Malaysia

Persatuan Pengakap

Pergerakan Puteri Islam

Persatuan Silat Budaya Warisan Borneo 

Persatuan Taekwando 

English Motivation Committee

Kelab Brass Band

Kelab Drama

Kelab Etiket Sosial

Kelab Fotografi

Kelab Jahitan

Kelab Koir

Kelab Kompang

Kelab Landskap

Kelab Reakreasi

Kelab Robotik

Kelab Senamrobik

Kelab Tarian Tradisonal

Kelab Simfoni Bamboo

Kelab Toastmaster

Kelab Usahawan Muda 

Kelab Badminton

Kelab bola jaring

Kelab bola keranjang

Kelab Bola Sepak

Kelab Bola Tampar

Kelab Catur

KelabHoki

Kelab Petanque\KelabPing pong

Kelab Ragbi

Kelab Sepak Takraw

Kelab Tenis